Con toda probabilidad Presencio nace en los albores de la Reconquista. Consta en documentos y legajos que Presencio, en el Campo de Muñó dentro del Condado de Castilla, existía en el siglo X. El tiempo y las buenas tierras aumentaron su importancia, formándose pronto un importante núcleo de población.
Probablemente a finales del siglo XIV se une Presencio a las behetrías (villas libres de los abusos reales, a cambio de entregarse en manos de un señor protector). Pero los privilegios reales también cayeron sobre las behetrías. Presencio conserva un documento del rey Juan II de Castilla, otorgándole ciertas prebendas y gracias. Por pertenecer a behetría esta villa no tiene escudos de nobles en sus edificios, ya que en las behetrías ningún noble podía ser vecino para que no llegara a ser terrateniente. Ni siquiera podía pernoctar: de ahí nace la necesidad de defender al núcleo urbano con una fortificación o muralla, de lo que en la actualidad únicamente se conserva la entrada principal.
Los despoblados de Sant Millan de Perros y Villa Ferretea se encuentran en su término.
En tiempos de León X (1513-1521), Papa de los artistas y de Lutero, se dan a Presencio bulas especiales anexionando pueblos que quedan vacíos. En esta época se anexionaron Villa Çisla y Asturianos, como da fe un pergamino, que se conserva en el archivo parroquial.
En 1778 el Duque de Medinaceli poseía el señorío de Presencio. Hoy se sigue recordando al Duque en una de las calles que lleva su nombre.
En 1840 el pueblo tiene 180 casas, 138 vecinos y 551 habitantes. La Iglesia está servida por cinco curas beneficiados, un organista y un sacristán.
Y el censo poblacional más alto en la historia de Presencio se encuentra en el año 1910, cuando se llegan a contar 725 habitantes. Desde entonces la curva poblacional es descendente y el futuro no se adivina más concurrido.
